人は何を求め、何のために「塔」へと登るのか--。

英雄ギルガメスの伝説から80年。

討伐されたはずの邪神ドルアーガ復活により、
難攻不落の巨塔「ドルアーガの塔」もまた巨大な姿で蘇っていた。

登頂者ジルたちは、全ての願いが叶う伝説の秘宝「ブルー・クリスタル・ロッド」を
手に入れるため、見事登頂を果たし、「邪神ドルアーガ」の討伐に成功。
しかしジルは、最下層へと流された。

最愛の人、カーヤは何を求めていたのか。そして自分は何を望んでいるのか。
生きる気力を失い、答えのない問いを抱えたまま時を過ごすジル。
だが、彼の目の前に謎の少女カイが現れ、運命は再び動き始める。

「私を塔のてっぺんまで連れて行って」

失われたはずの願いを胸に、ジルは再び登頂者となって果てなき塔の冒険に挑む。